Erigida la diócesis de Celaya, el 18 de abril de 1974 jueves de la octava de pascua, estando a la cabeza su primer obispo Mons. Victorino Álvarez Tena, se orientaron los trabajos al establecimiento de las estructuras necesarias para el desenvolmiento funcional y pleno de esta iglesia particular naciente.
En los primeros encuentros con los sacerdotes de Celaya, el obispo diocesano, destacó la necesidad de iniciar el trabajo de promoción vocacional y la formación de los candidatos en un Seminario. Esta moción despertó expectativas muy distintas en el presbiterio que discutía las ventajas y las objeciones de dicha empresa.
Como bien podemos leer en el decreto de erección: “El pueblo de Dios, no puede realizar su vocación mientras no se cuente con el ministerio de los sacerdotes que, consagrados por el sacramento del orden, tienen la sagrada potestad de predicar la Palabra de Dios, renovar el sacrificio de la Santa Misa y comunicar la gracia de los sacramentos.” El prelado, pidió al entonces presbítero Alberto Suárez Inda que se ocupara de este trabajo.
El 8 de septiembre de 1974 se creó el seminario diocesano, bajo la tutela de la Inmaculada Concepción y de San José “…ellos han de asistir al seminario paraque, como el hogar de Nazaret, se cultiven las virtudes de la humildad, la laboriosidad, la castidad, y sobre todo, la fe y la caridad…”.
El Seminario menor se inició en la casa de Cursillos de Cristiandad en la calle Aztecas n. 1000, mientras se adaptaba la casa de Leandro Valle anexa al templo del Señor de la Piedad, donde había un antiguo colegio de religiosas que cedieron para que pudieran ser las instalaciones del Seminario.
Con cuarenta y dos jóvenes, doce que cursarían primero de preparatoria y treinta que harían los estudios de secundaria, dio inicio el Seminario diocesano de Celaya. En los inicios, la instrucción secundaria se realizaba en el colegio “Manuel Molina Concha” atendido por los religiosos de los sagrados corazones y la preparatoria en el colegio de los Hermanos Maristas.
Por otro lado, los que se encontraban cursando estudios filosóficos o teológicos en el momento de la creación de la Diócesis continuaron en las diócesis respectivas hasta terminar, los que salían del seminario menor eran enviados a las diócesis vecinas.
Simultáneamente se confeccionaba el proyecto para la construcción de las instalaciones del Seminario menor, que quedó a cargo del arquitecto Humberto Artigas, el cual, había de efectuarse en el predio que se adquirió a la señorita Irenita Molina en la colonia Valle hermoso en Celaya.
Las aspiraciónes se concretaron cuando el delegado apostólico Mons. Mario Pío Gaspari bendijo y colocó la primera piedra del edificio del Seminario Menor el 8 de diciembre de 1977.
Las instalaciones, se fueron construyendo con la colaboración y entusiasmo de los feligreses, el presbiterio y de los bienhechores.
Desde 1974 se introdujo en el Seminario el Curso Introductorio Regional, propedéutico a los estudios eclesiásticos de filosofía y teología. A lo largo de seis meses, se intensificaba la formación de los seminaristas por medio de temas vocacionales, sacerdotales y espirituales; servía también para integrar a los que ingresaban al seminario al terminar la preparatoria en las escuelas públicas.
El primer rector del seminario fue el Pbro. Alberto Suárez Inda. Nació en Celaya, Guanajuato; el 30 de enero de 1939. En 1953 ingresó al seminario diocesano de Morelia, donde cursó humanidades. En 1958 se trasladó a la ciudad de Roma, donde estudió filosofía y teología en la Universidad Gregoriana, como alumno del colegio Pío Latino Americano. Recibió la ordenación sacerdotal en Celaya el 8 de agosto de 1964. El 5 de noviembre de 1985 fue preconizado Obispo de Tacámbaro y recibió la ordenación episcopal el 20 de diciembre de 1985. El 20 de enero de 1995 fue nombrado octavo arzobispo de Morelia. Tomó posesión de la Arquidiócesis el 23 de febrero de 1995 y recibió el palio arzobispal de manos del Papa Juan Pablo II el 29 de junio de 1995. Él redactó el primer reglamento y los estatutos.
El obispo diocesano de Celaya nombró como rector del Seminario al Pbro. Lic. Juan José Pérez Parra a finales de 1985. Nació en Dolores Hidalgo, Guanajuato, el 8 de febrero 1943. Fue ordenado sacerdote el 29 de junio de 1973 en la Arquidiócesis de México. Además de los estudios eclesiásticos obtuvo licenciatura en psicología en la Universidad Nacional Autónoma de México.
El 4 de noviembre de 1987 a tan sólo unos meses de haber celebrado las bodas de plata episcopales murió don Victorino Álvarez Tena, la diócesis entera consternada por el acontecimiento rogó a Dios por su egregio pastor e imploro pronta asistencia de otro obispo.
El 24 de junio de 1988, tomó posesión de la diócesis Mons. Jesús Humberto Velásquez Garay, con este acontecimiento se abrió una nueva etapa para esta joven Iglesia que peregrina en Celaya. Sus bodas de plata sacerdotal y los quince años de la Diócesis fueron el momento providencial para arrancar los trabajos del plan orgánico y echar andar el proyecto del Seminario mayor diocesano.
Como era de esperarse, se incrementó considerablemente el número de seminaristas de Celaya que cursaban en el seminario de Querétaro las etapas de filosofía y teología, queriendo no abusar de la generosa ayuda que la diócesis hermana nos brindaba, se pensó en instalar progresivamente el seminario mayor en Celaya.
1989 fue el año en que se decidió instaurar la filosofía, la dinámica que se siguió fué que el seminario de Querétaro permitió a los que se encontraban en los cursos de Filosofía y Teología terminaran. A la vez que los seminaristas de Celaya que habían de ingresar a la Teología se les mandó a la Universidad Pontificia de México (sólo unos años) y, los que pasaban a la Filosofía, ocuparon el anexo del templo del Señor de la Piedad (que años antes había servido para albergar al Seminario menor). Allí, con instalaciones improvisadas, con un grupo pequeño de maestros (a cargo de él, el hasta entonces secretario del obispado Pbro. Alberto Freire Casillas) y con todo empeño, se dio inicio a la etapa de Filosofía, al cumplirse el XV aniversario de la fundación del Seminario Diocesano de Celaya el 8 de septiembre del año ya citado.
Las circunstancias influyeron para que el obispo proyectara la construcción del Seminario Mayor Diocesano. El 18 de abril de 1991, el Delegado Apostólico, Mons. Jerónimo Prigione, bendijo y colocó la primera piedra de lo que sería el Seminario Mayor.
Inmediatamente se formó un patronato pro-construcción del Seminario Mayor que encabezó y propuso las actividades que se habían de realizar para la recaudación de fondos económicos para financiar la obra. La diócesis de Celaya, como años atrás, mostró nuevamente su generosidad. Después de un año el mismo Nuncio bendijo el primer módulo del Seminario Mayor (vivienda de los alumnos de teología). Aunado a este acontecimiento el 13 de septiembre de 1992 se erige la etapa de teología.
Se llevaron a cabo nuevas iniciativas para conseguir medios económicos, y se pudo construir el módulo de estudios en 1993.
Para aprovechar la construcción, en 1993 se cambió a los alumnos del Seminario Menor hacia el anexo del templo del Señor de la Piedad, y los seminaristas de Filosofía -ahora ya con los de Teología-, ocuparon las instalaciones que los seminaristas menores desocuparon y las áreas nuevas del Seminario Mayor.
La crisis económica y la no adecuada administración de los fondos económicos, hicieron más lento el trabajo de construcción. Con lo recaudado de los fieles, apenas se levantó el tercer modulo (vivienda de Filosofía) no sin serias dificultades.
El patronato se disolvió y, junto con él, lamentablemente se abandonó el proyecto inicial de la obra. Los módulos que faltaban eran el comedor y la capilla. Pero el obispo de Celaya no quiso que los trabajos se detuvieran y designó al entonces ecónomo del Seminario, P. Carlos Sandoval, para que se encargara de sacar adelante la obra.
Los módulos restantes y las criptas que se construyeron debajo de la capilla se concluyeron en el 2000, año en que también el Seminario Menor abandonó el anexo al templo del Señor de la Piedad y regresó a sus antiguas instalaciones.
Ya hicimos mención del Curso Introductorio regional y cómo éste se realizaba junto con seminaristas de otras diócesis. La experiencia fue sin duda enriquecedora pero no con pocas complicaciones, eso hizo que en 1989 cada diócesis iniciara su Curso Introductorio propio.
La casa que ocupó desde 1990 fue el anexo del Corazón de María, -antigua casa y colegio de los claretianos-. En 1997 la diócesis cedió las instalaciones al Conservatorio de Música Sacra.
Para no multiplicar las casas de formación, el Curso Introductorio se ubicó en las instalaciones de Filosofía (1997), donde continuó en espera de la construcción de un lugar para esta sección del seminario.
Otro acontecimiento relevante sin duda en la vida del Seminario fue que, después de once años de ejercer como Rector el Lic. Pbro. Mons. Juan José Pérez Parra, quien además de la obra material, dejó al seminario nuevo reglamento, plan de formación y estatutos, fué relevado en su cargo por el Lic. Pbro. Mons. Luis Lozano Nolasco. Nació el 22 de agosto de 1949 en San Juan de la Vega, perteneciente al Municipio de Celaya; cursó el Seminario en Morelia, Michoacán; se ordenó sacerdote el 29 junio de 1975; después de unos años de ministerio marchó a Roma donde obtuvo la Licenciatura de Teología Moral en la academia Alfonsiana; en 1996 fue nombrado Rector del Seminario Diocesano de Celaya por el entonces obispo Jesús Humberto Velásquez Garay.
En un clima de acción de gracias a Dios por los 25 años de la diócesis y de nuestro seminario respectivamente, se dió el último impulso a la construcción material que culminó con la consagración de la capilla del seminario mayor el 9 de octubre del año 2000.
Un año más tarde instalados los seminaristas mayores y menores en sus respectivas casas y en el marco del año jubilar teresiano, se tuvo la visita de las reliquias de santa Teresita del niño Jesús y de la santa faz.
Estando al frente de la economía el pbro. Raúl Ruiz se dió inicio a la construcción de la casa del curso introductorio en un terreno a espaldas de las instalaciones del seminario en la col. Valle hermoso. La cual se habitó en el 2002.
Después de seis años de entrega Mons. Luis Lozano Nolasco además de las obras ya mocionadas dotó al seminario de un cantoral y devocionario; también es digno de mención la incorporación a la secretaria de educación pública de la preparatoria y la licenciatura de filosofía en 1999. Le sustituyó en el cargo el Pbro. Jesús Palacios Torres, nació en Dolores Hgo. El 28 de marzo de 1966, fue ordenado sacerdote el 8 de diciembre 1994, Mons. Jesús Humberto Velásquez Garay le nombró rector en septiembre del 2002.
La deteriorada salud del segundo obispo de Celaya le llevó a dimitir el 26 de julio del 2003, la providencia dispuso que en septiembre de ese mismo año tomara las riendas de la diócesis Mons. Lázaro Pérez Jiménez.
Estando al frente del seminario el pbro. Jesús Palacios se instauró el año de pastoral (2003) para los que terminan los estudios de teología y en el 2006 se envió al santuario de san Martín caballero, en Terreros, Dolores Hgo. Gto. La etapa del Curso Introductorio.
En el 2007 el padre Obispo nombró como rector del Seminario al Pbro. Lic. Gonzalo Alonso Calzada Guerrero, nació el 7 de julio de 1964 en san Luis de la Paz, ingresó al seminario de Celaya en 1976, fué ordenado el 19 de mayo de 1989, después de un breve trabajo pastoral fué enviado a estudiar en el Pontificio Instituto Bíblico en Roma, fué párroco de la parroquia de san Isidro labrador en Crespo (Celaya) y de san Luis Rey en san Luis de la Paz